Ludwig der Bayer erlaubte 1323 dem Burggrafen Friedrich IV von Nürnberg sein Dorf Wonsees zu befestigen und mit Marktrecht zu begaben.

Abdrucke von Wappensiegeln sind aber erst seit dem 16. Jahrhundert bekannt. Das älteste mit der Umschrift DES MARCKTS WUNSEES SIEGEL zeigt im Renaissanceschild das heutige Wappen. Die hübsche Zeichnung für „Wunigses" von 1581 ist dem Schildinhalt nach gleichlautend und stellt den Großbuchstaben W schwarz in Gold. Nach ihr richtete sich die Abbildung im Wappenkalender von Reiß 1767. Die Vierung aus dem zollerischen Stammwappen bezieht sich auf die Ortsherrschaft. Der Anfangsbuchstabe des Ortsnamens soll, wie es auch bei anderen Gemeindewappen in den ehemaligen Fürstentümern der Zollern in Franken zu beobachten ist, ein Unterscheidungszeichen bilden.

Anlässlich der heraldischen Bestandsaufnahme in den Jahren 1811 bis 1819 wurde Wonsees in den Berichten überhaupt nicht genannt, so dass ein schon früherer Verzicht auf die Wappenführung anzunehmen ist. 1836 gab jedoch die Regierung des Obermainkreises an, dass der Markt zwar in die Klasse der Landgemeinden zurückgetreten sei, das althergebrachte Wappen aber wieder zu führen wünsche. Daraufhin verwies das Staatsministerium des Innern auf die generelle königliche Genehmigung der Wiederverwendung alter Wappen vom 3. Februar 1836. Im 19. Jahrhundert benutzte der Markt trotzdem nur ein Schriftsiegel. Den einzigen Wappennachweis aus dieser Zeit bringt Götz 1898. Hupps Abbildung, die in Unkenntnis der farbigen Zeichnung von 1581 die Buchstaben blau in Silber wiedergibt, diente als Vorlage für das Dienstsiegel von 1938. An dieses knüpfte neuerdings die ministerielle Bestätigung an.